Storicamente documentato già nel 1104 quando Wido da Samarate fece ricostruire la chiesetta di San Nicolao di origine alto-medioevale.
Antiche forme del nome sono Gondono, Contono, Cantono.
Seguì le sorti dei conflitti tra Como e Milano: nel sec. IX apparteneva al Contado di Stazzona (MI). Più tardi subì l'ingerenza dei nobili Locarnesi.
Contone fu sede dal 1219 di un ospizio dell'ordine ospedaliero di San Giovanni di Gerusalemme, diventato Ordine di Malta nel 1529.
L'ospizio - colle, case, terreni, chiese e boschi - diventò poi la Commenda di Contone di proprietà dell'Ordine citato. Nel 1569 tutti i beni della Commenda vennero ceduti all'ospedale di Santa Maria appartenente al Comune di Lugano.