Il ruolo del Medico cantonale è nato nella seconda metà del XIX secolo con l'obiettivo di controllare e debellare le malattie infettive, a quel tempo causa di morte per gran parte della popolazione. Quale "ufficiale sanitario" egli era preposto all'igiene e alla sanità pubblica.

Nel corso dei decenni il potere legislativo ed esecutivo hanno conferito al Medico cantonale competenze in vari settori della sanità pubblica. Oggi il Medico cantonale è soprattutto incaricato di vigilare sugli operatori e sulle strutture sanitarie del Cantone, favorendone un funzionamento ottimale.