La Sezione sanitaria ha compiti di pianificazione, di valutazione, di promozione, di controllo e di polizia nell'ambito sanitario cantonale. Essa opera in particolare nell'ambito dei compiti previsti dalla Legge sanitaria del 18 aprile 1989.

Le attività di competenza della Sezione sanitaria sono le seguenti:

• vigilanza e autorizzazioni sanitarie (operatori e strutture);
• pianificazione ospedaliera;
• elaborazione di strategie e azioni di educazione sanitaria e promozione della salute in base a indicatori sanitari, sociali ed economici;
• elaborazione di strategie, metodologie e strumenti che promuovano un accesso più equo e consapevole alle prestazioni ai servizi;
• promozione dell'"empowerment" degli utenti (autogestione della salute, accesso più informato alle prestazioni e ai servizi);
• programmi di promozione della salute mirati a gruppi di popolazione (ad es. adolescenti , anziani, disoccupati, ecc.) e programmi di prevenzione su temi specifici (fattori di rischio, fattori di protezione), svolti in collaborazione con enti locali e/o associazioni;
• informazione sui diritti dei pazienti;
• ricerche nel settore dei consumi di cure e prestazioni, della relazione medico-paziente e dell'economia sanitaria;
• elaborazione del conto sanitario cantonale e del bilancio di salute della popolazione ticinese;
• svolgimento del progetto di formazione dei quadri sanitari dei paesi dell'Europa dell'Est in collaborazione con la Divisione di cooperazione e dello sviluppo del Dipartimento federale degli Affari Esteri;
• partecipazione a gruppi e commissioni cantonali, intercantonali, nazionali ed internazionali;
• membro del Regional Health Network (RHN) dell'OMS.